Hogeschool Edith Stein biedt op dit moment twee professionele masteropleidingen aan:
Leren & Innoveren en Educational Leadership. Beide masteropleidingen richten zich op een brede doelgroep bestaande uit primair onderwijs, voortgezet onderwijs, speciaal onderwijs, mbo en hbo. De ene opleiding richt zich op het onderwijskundig leiderschap (management) en wordt dan ook in samenwerking met Magistrum aangeboden. De andere opleiding richt zich op onderwijsinnovatie en wordt in TSE-verband aangeboden.